本站消息 近日，董扬教授团队和上海交通大学张才喜教授团队在国际园艺学期刊《Molecular Horticulture》上联合发表了题为"Chromosome-level genome assembly provides insights into the genetic diversity, evolution, and flower development of Prunus conradinae"的研究论文。该研究首次完成了华中樱桃（Prunus conradinae）的高质量染色体水平基因组组装，为理解其遗传背景和花发育机制提供了新的视角。
华中樱桃（Prunus conradinae），作为蔷薇科李属樱亚属的木本植物，以其早春盛开的鲜艳花色和繁茂枝叶，在园林造景中备受青睐。同时，由于其高嫁接亲和性和良好的适应性，华中樱桃也是樱属植物砧木的重要选择，具有重要的经济和观赏价值。然而，由于缺乏基因组信息，对其遗传多样性和花发育调控机制的研究一直受限。
本研究中，团队成功组装了华中樱桃的基因组，注释得到了31,134个蛋白质编码基因，并发现基因组重复序列占46.23%，其中LTR-RTs是主要的重复单元。结构变异分析揭示了华中樱桃与其他樱属植物间的共线性片段，以及染色体倒位、易位等结构变异，展现了物种间的遗传多样性和复杂性。
此外，进化树分析显示，华中樱桃与钟花樱（Prunus campanulata）亲缘关系最近，大约在19.1百万年前发生分化。研究还发现华中樱桃经历了与蔷薇科其他物种共享的全基因组复制（WGD）事件，发生在约138.6百万年前。MADS-box基因家族的鉴定分析揭示了与开花时间和休眠调控相关的基因SVP的家族扩张，为研究华中樱桃的早花分子机制提供了新的线索。
上海交通大学纠松涛副研究员为该研究论文第一作者，张才喜教授和董扬教授为共同通讯作者。
原文链接：https://doi.org/10.1186/s43897-024-00101-7
