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云报新闻客户端:云南农业大学科研团队发布茶叶多组学综合数据库

来源: 云报新闻客户端    时间:2023年08月17日    浏览量:

近日,云南农业大学盛军教授团队发表最新研究成果。该研究搜集并整合了山茶属多个参考基因组、重测序、转录组等组学数据,并提供了三项独立研究包括了泛基因组,临沧茶树重测序与土壤宏基因组测序数据,以及多种在线分析工具,构建了综合性的山茶属多组学数据库—Teabase,为山茶属遗传育种提供重要的数据支撑和检索分析平台。

据悉,盛军教授研究团队长期致力于茶叶基因组、功效成分以及功能机理的研究,近期开发了世界上首个综合茶叶多组学数据库—Teabase收录了大量茶叶相关的多组学数据,一半以上的数据为首次发表,包括12个参考基因组和一份泛基因组组装、100份转录组,705份全球茶叶种质资源的遗传信息、1350份云南临沧地区古树茶重测序及对应的448份宏基因组测序数据,上亿条SNP/INDEL/SV/gene/PAV变异数据,此外还有4份遗传图谱,3组共线性也包含在Teabase中。

该团队将这些数据整合为8个基础模块,其中种和种质页面基于闵天禄茶属分类系统搭建数据库框架,共收集了265个种以及714个品种的分类信息,满足普通用户对山茶属生物资源信息的了解。数据库中采用了大量的交互式可视化图表,满足研究学者对基因、变异位点、基因表达等信息的检索、分析、整合以及下载等需求。此外,团队还开发了一系列实用的分析工具,如引物设计、基因组浏览器、BLAST比对、基因表达查看、GO/KEGG富集分析等,共同构成了Teabase的核心功能。

新闻链接:http://ynrb-h5.yndaily.com/#/detail/normal/5402541355860992

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作者:陈怡希

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编辑:李莉

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